原因が分からないけど、何かのタイミングでdownloadフォルダが新規作成されるね。
デフォルトで作成されているのと同名のフォルダが二つになってランダム？にどちらか片方の内容を表示するから一部データが消えたように見える。
取りあえず片方のフォルダ名変えて対処した。